La fauna y la flora de Formentera son el mejor ejemplo de la biodiversidad del Mediterráneo. En tierra predominan los bosques de pinos, pero también están las sabinas, árboles robustos y duros aclimatados perfectamente a los rigores del clima y la falta de agua. Las higueras proliferan como símbolo de supervivencia cuando escaseaba el alimento.
Actualmente, su fruto, especialmente seco, es uno de los manjares locales. Los arbustos aromáticos, como el romero y el tomillo, abundan en el paisaje. Respecto a la fauna, la variedad de aves tanto nidificantes, como la pardela balear (virot), o migratorias es espectacular.
En las zonas húmedas se pueden ver flamencos, grullas, patos e incluso aguilas pescadoras. Aunque el animal terrestre más representativo sea la lagartija, que es una especie endémica, también está el lirón y el erizo.
La fauna acuática también es muy diversa. Abundan los sargos, obladas, salmonetes reales y serranos. Aunque en menor cantidad, hay meros y langostas.